本店移転と支店移転を同時に
商業登記で登録免許税の同じ区分では、一括申請をすれば１回分の登録免許税を納めればよい。
例えば 目的変更と発行可能株式総数の変更登記はともに定款の変更事項で登録免許税の区分は（ツ）の３万円。二つの登記でも一括申請なら３万円の一度で済む。別々に登記すれば３万円を別々で納める。だからできれば一括申請したい。
では、次の場合はどうか。
同一管轄内で本店と支店（１か所）を入れ替える。本店移転と支店移転は同じ区分の（ヲ）の３万円。上記のとおりで考えれば一括申請だから３万円の納付で済む、と考える。
しかし、ここは本店移転３万円と支店移転３万円がかかる。
登録免許税法の区分（ヲ）には「本店若しくは主たる事務所又は支店若しくは従たる事務所の数」１か所につき３万円。
何やらわかりづらいが、法務局でもかなり古い先例があり、そのため３円か６万円かで疑義があり、結局のところ本局審査で６万で決着をした。